Kaedehara Sora, một tu sĩ từ thời đại Mạt Pháp, bất ngờ xuyên không vào thế giới đầy rẫy tội phạm của Thám Tử Lừng Danh Conan. Hắn mang theo ký ức của kiếp trước cùng võ nghệ cao cường, nhưng trớ trêu thay, hắn lại nhập vào một thân xác giống hệt Kudo Shinichi ngay khoảnh khắc chàng thám tử này bị teo nhỏ.

Điều kỳ lạ hơn cả là Kudo Shinichi thật sự vẫn tồn tại và cũng chịu chung số phận bị thu nhỏ. Hậu quả của vụ việc tại công viên Nhiệt Đới là sự ra đời của hai đứa trẻ có ngoại hình y hệt nhau. Để che giấu thân phận và đối phó với Tổ chức Áo Đen, Sora và Shinichi buộc phải đóng giả làm anh em sinh đôi. Từ đây, một Shinichi thông minh sắc sảo cùng một Sora mạnh mẽ, bá đạo bắt đầu hành trình phá án và sinh tồn giữa những âm mưu đen tối, tạo nên những biến số thú vị mà nguyên tác chưa từng có.